Note publique d'information : Le raisonnement diagnostique (abductif) et le raisonnement de prédiction (inductif)
sont deux des méthodes de raisonnement qui permettent la découverte de connaissances
nouvelles. Lorsque le raisonnement abductif est le processus permettant de trouver
la meilleure explication (hypothèse) pour un ensemble d'observations (Josephson, 1994),
le raisonnement de prédiction est le processus, à partir d'un ensemble d'observations,
permettant de trouver tous les résultats possibles. Ces observations peuvent être
les symptômes d'un patient, des expériences concernant les réseaux métaboliques et
génomiques, etc.Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à la représentation,
l'analyse et la synthèse des réseaux de signalisation génomique en utilisant la logique
des hypothèses. En fait, ce mémoire se focalise sur la modélisation des voies de signalisation
en réponse à la cassure double-brin de l'ADN. Pour implémenter l'abduction nous utilisons
les algorithmes de production. Ensuite, la logique des défauts permet de construire
des modèles de représentation minimale.Ces algorithmes de découvertes de connaissances
sont prouvés sur la carte de cassure double brin de l'ADN. Cette carte est minimale
en tant que graphe de causalité biologique et elle permet d'intégrer les données biomoléculaires.
Note publique d'information : Diagnostic reasoning (abductive) and predictive reasoning (inductive) are two methods
of reasoning that enable the discovery of new knowledge. When abductive reasoning
is the process of finding the best explanation (hypothesis) for a set of observations
(Josephson, 1994), the inductive reasoning is the process of predicting, from a set
of observations, to find all possible results. These observations may be symptoms
of a patient, experiments on genomic and metabolic networks, etc.In this PhD thesis,
we are interested in the representation, analysis and synthesis of genomic signaling
networks using hypothetical logic. In fact, this thesis focuses on modeling of signaling
pathways in response to the DNA double stranded break. To implement the abduction,
we use algorithms of production. Then, the default logic is used to build models of
minimum representation. These algorithms are proven knowledge discovery on the map
of DNA double-strand break. This map is minimal as biological causality graph and
allows integrating bio-molecular data.
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