Identifiant pérenne de la notice : 226636585
Notice de type
Notice de regroupement
Note publique d'information : Des génomes entiers de bactéries sont séquencés en nombre croissant. Parallèlement
sont mis en place des programmes d'analyse systématique de l'expression des gènes
et des protéines dans différentes conditions. La compréhension du fonctionnement d'un
organisme nécessite une annotation des fonctions des gènes et l'intégration de ces
données dans des schémas fonctionnels. Les voies métaboliques constituent une classe
de fonctions permettant d'aborder ce problème d'intégration, elles sont bien répertoriées
chez de nombreux organismes et sont accessibles à l'expérimentation. Dans un premier
temps, nous avons développé une méthode automatique de prédiction de fonction spécifique
des enzymes. Cette méthode nommée PRIAM (PRofils pour l'Identification Automatique
du Métabolisme) repose sur la nomenclature des enzymes et sur la construction automatique
d'un jeu de profils spécifiques des fonctions enzymatiques. Puis, cette méthode permet
d'identifier les enzymes dans un génome complet et de visualiser les résultats obtenus
sur les graphes des voies métaboliques de la base de données KEGG. Dans un second
temps, cette méthode a été appliquée sur le génome de la bactérie fixatrice d'azote
Sinorhizobium meliloti et nous a permis l'analyse des voies métaboliques spécifiques
de cet organisme symbiote.
Note publique d'information : Complete genomes of bacteria are sequenced in growing number. At the same time, programs
for systematic analysis of genes and proteins expression in different conditions are
set up. The understanding of organisms functions requires the annotation of genes
functions and the integration of that data into a functional diagram. Metabolic pathways
constitute classes of functions allowing to tackle the integration issue. They are
well identified in numerous organisms and are available to experimentation. In a first
time, we have developed an automated method for enzyme function detection. This method,
named PRIAM (PRofils pour l'Identification Automatique du Métabolisme), is based on
the classification of enzymes in the ENZYME database and relies on sets of position-specific
scoring matrices ("profiles"), automatically tailored for each ENZYME entry. Then,
the method allows to identify enzymes in a complete genome and to visualize the results
on KEGG graphs. In a second time, that method has been applied on the complete genome
of the nitrogen fixing bacterium Sinorhizobium meliloti, in order to facilitate the
interpretation of specific metabolic pathways of that symbiotic organism.
paprika.idref.fr
data.idref.fr
Documentation
