Note publique d'information : Les infections aiguës des voies respiratoire inférieures (ALRI) sont un problème persistant
et dominant de santé publique. De nombreux virus peuvent causer une ALRI, y compris
le virus respiratoire syncitial, le virus de la grippe, le virus parainfluenza, le
rhinovirus, l'enterovirus, l'adénovirus et le coronavirus. Depuis l'épidémie de SRAS
en 2004 et les épidémies récentes de grippe aviaire H5N1 hautement pathogène, la transmission
des virus zoonotiques à l'homme pose un problème majeur de santé publique, car les
contacts rapprochés entre l'animal et l'homme ou entre les hommes faciliteraient le
réassortiment et la recombinaison entre les virus pour générer des nouveaux virus
qui pourraient passer la barrière d'espèce. L'introduction de ces nouveaux virus dans
la population immunologiquement naïve pourrait être à l'origine d'épidémies ou de
pandémies.. Par ailleurs, de nouveaux virus comme le métapneumovirus humain, les coronavirus
humains NL63 et HKU1, et le bocavirus humain, ont été identifiés grâce au développement
des nouvelles techniques moléculaires. Toutes ces approches ont changé le profil étiologique
des ALRI. Pour mieux identifier les causes d'épidémies, il est nécessaire de surveiller
la distribution et l'évolution génétique des virus respiratoires. L'objectif de ce
travail a été dicté en priorité par la nécessité de développer des méthodes rapides,
spécifiques et sensibles de diagnostic pouvant détecter non seulement des pathogènes
viraux importants mais également de nombreuses co-infections virales. Les objectifs
de ce travail étaient de développer différentes techniques moléculaires multiplexées
et de mettre en place une plateforme de diagnostic des virus respiratoires. La stratégie
a été de développer de nouvelles techniques en rapport avec les types de virus à détecter:
(1) virus prioritaires comme la grippe aviaire H5N1 ou le virus pandémique SOI-H1N1v,
détectés par RT-PCR en temps réel et multiplexée; (2) virus à haute prévalence de
circulation dans la population possédant une diversité génétique élevée, détectés
par RT-PCR multiplexée ; virus rares et émergents, détectés et étudiés par micropuce
ADN et séquençage à haut-débit.
Note publique d'information : Acute respiratory infections (ARIs) are one persistent and Worldwide problem to public
health and the leading cause of morbidity and mortality in developing countries. In
China, nearly 21 million cases occur every year [1]. Numerous viruses can cause ALRI,
including respiratory syncitial virus, influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus,
adenovirus and coronavirus [2-12]. Since the outbreak of SARS in 2004 and the recent
epidemics of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in China [13-15] as well
as in other countries of Southeast Asia, the transmission of zoonotic viruses from
animals to human has become a big concern to public health because the increasing
close contacts of animal-human and human-human would largely facilitate the reassortment
and recombination of viruses to generate new viruses which could cross the species
barrier. The introduction of new viruses to immune naïve population would cause epidemics
or pandemics. Meanwhile, new viruses like human metapneumovirus, human coronaviruses
NL63 and HKU1, and human bocavirus, were identified as the result of development of
new molecular techniques. All these approaches have largely changed the etiological
profile in ARI. To better react in case of epidemics, it is necessary to monitor the
distribution and the genetic evolution of respiratory viruses. Sustained global surveillance
project was required to improve the capacity in many developing countries to detect
endemic, epidemic and newly emerging respiratory pathogens [16].To set up such project,
reliable and standardized diagnostic methods were requested. With sequencing and phylogenetic
analysis, the project could identify a wide variety of agents, to differentiate highly
pathogenic viruses from less virulent seasonal respiratory viruses and to identify
new emerging viruses. Meanwhile, the epidemiological and etiological profile of ARI
should be thoroughly studied to describe the background and set up a baseline for
epidemic alert. In 2006, the project "Surveillance and Investigation of Endemic Situations
in South-East Asia (SISEA)" was implemented (http://www.hku.hk/respari/research_07.htm),
which supported my PhD work. Shanghai, as the biggest metropolis of China, is an important
center for population migration and with distinct four seasons including very cold
winter.
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